Rückrunde: 2. Bundesliga 1998/99
| 18.Spieltag: | Datum: So. 13.12.1998 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 17.000 |
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| 1.FC Köln | FC Gütersloh |
| Halbzeit: 1:0 | Endstand: 1:1 |
| Torschützen: | |
| 1:0 Rösele (45.) | |
| 1:1 W. Choroba (48.) | |
| 19.Spieltag: | Datum: So. 20.12.1998 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 7.000 |
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| FC Gütersloh | Fortuna Düsseldorf |
| Halbzeit: 0:1 | Endstand: 2:2 |
| Torschützen: | |
| 0:1 Dobrovolsky (42.) | |
| 1:1 H. Elberfeld (57.) | |
| 2:1 D. Stendel(87.) | |
| 2:2 Istenic (79.) | |
| 20.Spieltag: | Datum: So. 28.02.1999 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 2.500 | .
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| SpVgg Unterhaching | FC Gütersloh |
| Halbzeit: 1:0 | Endstand: 2:0 |
| Torschützen: | |
| 1:0 Seifert (13.) | |
| 2:0 Lust (75.) | |
| 21.Spieltag: | Datum: So. 07.03.1999 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 6.000 |
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| FC Gütersloh | KFC Uerdingen 05 |
| Halbzeit: 0:0 | Endstand: 2:0 |
| Torschützen: | |
| 1:0 C. Meyer (74.) | |
| 2:0 R. Bozinov (88.) | |
| 22.Spieltag: | Datum: So. 14.03.1999 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 11.768 |
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| Hannover 96 | FC Gütersloh |
| Halbzeit: 2:1 | Endstand: 4:1 |
| Torschützen: | |
| 0:1 U. Weidemann (9.) | |
| 1:1 Addo (11.) | |
| 2:1 Morinas (12.) | |
| 3:1 Morinas (52.) | |
| 4:1 Asamoah (54.) | |
| 23.Spieltag: | Datum: So. 21.03.1999 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 5.500 |
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| FC Gütersloh | Stuttgarter Kickers |
| Halbzeit: 0:0 | Endstand: 1:0 |
| Torschützen: | |
| 1:0 T. Kos (77.) | |
| 24.Spieltag: | Datum: So. 04.04.1999 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 12.000 |
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| SSV Ulm 1846 | FC Gütersloh |
| Halbzeit: 1:0 | Endstand: 1:1 |
| Torschützen: | |
| 1:0 Trkulja (44.) | |
| 1:1 C. Meyer (Elf.)(64.) | |
| 25.Spieltag: | Datum: So. 11.04.1999 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 7.500 |
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| FC Gütersloh | TeBe Berlin |
| Halbzeit: 0:0 | Endstand: 1:0 |
| Torschützen: | |
| 1:0 H. Elberfeld (62.) | |
| 26.Spieltag: | Datum: So. 18.04.1999 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 6.003 |
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| FSV Mainz 05 | FC Gütersloh |
| Halbzeit: 0:0 | Endstand: 1:0 |
| Torschützen: | |
| 1:0 Demandt (49.) | |
| 27.Spieltag: | Datum: Mo. 26.04.1999 |
| Anstoß: 20:15 | Zuschauer: 9.000 | .
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| FC Gütersloh | SpVgg Greuther Fürth |
| Halbzeit: 0:0 | Endstand: 1:0 |
| Torschützen: | |
| 1:0 D. Omodiagbe (74.) | |
| 28.Spieltag: | Datum: Fr. 30.04.1999 |
| Anstoß: 19:00 | Zuschauer: 13.656 |
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| FC St. Pauli | FC Gütersloh |
| Halbzeit: 1:0 | Endstand: 1:0 |
| Torschützen: | |
| 1:0 Klasnic (15.) | |
| 29.Spieltag: | Datum: So. 09.05.1999 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 7.500 |
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| FC Gütersloh | SG Wattenscheid 09 |
| Halbzeit: 0:1 | Endstand: 2:1 |
| Torschützen: | |
| 0:1 Feinbier (6.) | |
| 1:1 U. Weidemann (46.) | |
| 2:1 J. Dziwior (57.) | |
| 30.Spieltag: | Datum: So. 16.05.1999 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 10.127 |
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| Energie Cottbus | FC Gütersloh |
| Halbzeit: 1:0 | Endstand: 5:1 |
| Torschützen: | |
| 1:0 Bittencourt (3.) | |
| 2:0 Bittencourt (60.) | |
| 3:0 Heidrich (68.) | |
| 4:0 Heidrich (73.) | |
| 4:1 T. Waterink (79.) | |
| 5:1 Irrgang (85.) | |
| 31.Spieltag: | Datum: Fr. 21.05.1999 |
| Anstoß: 19:00 | Zuschauer: 8.000 |
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| FC Gütersloh | Karlsruher SC |
| Halbzeit: 0:0 | Endstand: 2:0 |
| Torschützen: | |
| 1:0 R. Bozinov (59.) | |
| 2:0 R. Bozinov (79.) | |
| 32.Spieltag: | Datum: So. 30.05.1999 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 8.000 |
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| FC Gütersloh | RW Oberhausen |
| Halbzeit: 0:0 | Endstand: 0:3 |
| Torschützen: | |
| 0:3 Weber (64.) | |
| 0:2 Gaißmayer (79.) | |
| 0:3 Judt (82.) | |
| 33.Spieltag: | Datum: So. 13.06.1999 |
| Anstoß: 15:00 | Zuschauer: 22.512 |
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| DSC Arminia Bielefeld | FC Gütersloh |
| Halbzeit: 2:0 | Endstand: 3:0 |
| Torschützen: | |
| 1:0 Meißner (25.) | |
| 2:0 Labbadia (29.) | |
| 3:0 Labbadia (62.) | |
| 34.Spieltag: | Datum: Do.17.06.1999 |
| Anstoß: 19:00 | Zuschauer: 3.500 |
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| FC Gütersloh | Fortuna Köln |
| Halbzeit: 1:0 | Endstand: 2:1 |
| Torschützen: | |
| 1:0 F. Scharpenberg (13.) | |
| 1:1 K.Halat (Eig.)(71.) | |
| 2:1 D. Omodiagbe (22.) | |